第二部:研究生物武器的在战场上的使用,特别是在传播细菌和寄生虫的设备的研究方面。部长太田澄大佐。下设一个分部,下属一个航空班和在鞠家窑的安达特别实验场
八木泽班(植物菌):研究植物菌。班长八木沢行正军技师。
大田班(消毒):班长大田大佐。
第三部:生产容纳生物战剂的炮弹,驻扎在哈尔滨。部长江口中佐,下设两个工厂,主要是陶瓷弹壳制造厂,用于生产"石井式"陶瓷细菌弹。还有一个运输班。
第四部:生产各种生物战剂,部长川岛清少将。下设课进行各证细菌的生产。
第课
柄泽班:细菌制造班长柄泽十三夫军医少佐
野口班:生产鼠疫菌和炭疽菌。班长野口圭一
第课:研究干燥菌和疫苗。负责人三谷幸雄
第课:研究干燥菌和疫苗。
第课(疫苗)
植村班:生产瓦斯坏疽菌和炭疽菌。班长植村肇
有田班:生产斑疹伤寒及疫苗。班长有田正义军医少佐
朝比奈班:班长朝比奈正二郎军技师
第五部:训练教育部,部长园田太郎大佐,后由西俊英军医中佐接任。负责培训从事细菌武器,细菌战的人才。
第六部:装备部,部长大谷少将。负责器材,设备的供应。
第七部:诊疗部,部长永山大佐。负责细菌感染的预防和日本人的医疗。
第八部:总务部,部长中留金藏中佐,后由太田澄军医大佐兼任。负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配,。
石井的细菌部队(部队)除了平房本部(部队)外,还有个支队:
部队(林口支队):设于林口县,支队长西俊英军医中佐,后由榊原秀夫军医少佐接任。
部队(牡丹江或海林支队):设于海林镇,支队长尾上正男军医少佐。
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